穆好學不倦，嘗奉使至秦中，搜訪金石遺文，拓印繕定，作《金薤琳瑯錄》20卷。又富藏書，每得異本，則向人夸示以為樂趣。都穆對于書畫的收藏興趣源于其先祖的喜好，他嘗自言：“余自高祖南翁以來，好蓄名畫。聞之家君云，妙品有《吳道子魚藍觀音像》、《王摩詰輞川圖》、《范寬袁安臥云圖》，惜今不存。”所撰寫的《寓意編》是此期吳門地區出現的書畫著錄中重要的一部。《寓意編》明時未曾刊刻，卻在鑒藏家間廣為傳抄，至清始付梓。現所見《寓意編》后有清人陸恒一跋，敘其原委：

　　有明都元敬先生，博雅好古，黃伯思、董廣川一流人也。所著《金薤琳瑯》，世皆有，獨其《寓意》一編，殆仿米芾《書畫史》，而作者抄白流傳，亥豕雜出。近偶得曹秋岳先生家藏善本，即據以入梓。

　　都穆的《南濠詩話》，是有明一代較為著名的詩學批評著作。他在《都公談纂》中提到的明代名臣于謙廉潔奉公、“兩袖清風”的故事，常被后人引用；他的詩句“切莫嘔心并剔肺，須知妙語出天然”，也常被后人詩話提及。他的好學求實，考據疑義，多有獨到之處。特別是對我國西北地區山川形勢、故宮遺壤的考察，對金石遺文的搜訪，都有益于后世。都穆是我國歷史上第一個對秦始皇皇陵進行實地考察的學者，當今考古學者實地勘察測量證實，都穆在《驪山記》對始皇陵的記載非常確切，沒有臆度和虛構，這是相當難能可貴的。

　　都穆另著有《周易考異》、《使西日記》、《游名山記》、《史補類抄》、《史外類抄》、《聽雨紀談》、《玉壺冰》、《鐵網珊瑚》、《吳下冢墓遺文》等。